En 1863 el Shogun Iemochi decide visitar al emperador Komei en su palacio de Kioto, con el fín de elaborar un acuerdo trascendental para el futuro de Japón , que reconciliase a la corte imperial y al bakufu , y lograr así la unidad política necesaria para afrontar la crisis iniciada con la llegada de los barcos negros 10 años antes. Por supuesto un acontecimiento de tal magnitud en una ciudad en plena ebullición política y repleta de peligrosos asesinos que tan solo hacia 2 años habían podido acabar con la vida del principal roju y líder de facto del país Li Naosuke , requería la aplicación de medidas adicionales de seguridad , capaces de poder controlar a los ronin y cualquier posible amenaza o intento de atentado,especialmente contra el Shogun o alguno de los Daimios (señores feudales) que lo acompañasen.
A cargo del bakufu, Kiyokawa Hachiro fue el encargado de reclutar a todos los ronin que pudiera encontrar con el fin de crear un grupo, el Roshigumi , que actuase como fuerza policial en Kioto y sus inmediaciones durante la visita del Shogun. No obstante las intenciones ocultas de Hachiro eran utilizar a esos hombres para sumarlos a la facción sonno joi, pro imperialista y provocar disturbios. En la localidad de Tama, cerca de Edo había un pequeño dojo de kendo, el Sheikan que era regido por un joven maestro del Tennen Rishin Ryu , Kondo Isami que a su vez poseía un grupo de alumnos permanentes de gran talento y a los que unían a parte de la amistad, el deseo de prosperar , subir de estatus y en definitiva de hacer algo con su vida, su talento y su país. Eran jóvenes, pobres y llenos de entusiasmo que al enterarse de lo que pasaba en Kioto vieron una oportunidad de salir a conocer mundo y la cogieron al vuelo.
El grupo de Kondo lo conformaban : Toshizo Hijikata, su mejor amigo, un hombre muy rígido, valiente y recto hasta la exageración pero al ser de origen campesino estaba dispuesto a hacer lo que hiciese falta para ser un samurai ya que en aquella época no se podía cambiar de estamento. Soujirou Okita , un chico de 18 años de origen samurai pero muy pobre que había sido adoptado por la familia de Kondo. Era con la katana lo que Mozart con el piano. Pronto fue famoso en todo Japón. Keisuke Yamanami un hombre muy amable de carácter opuesto al de Hijikata. Fue como el hermano mayor de Okita y salvo Hijikata, era querido por todos.
Nagakura Shinpachi de 20 años que era después de Okita y Saito, el mejor espadachín. Harada Sanosuke un maestro en el manejo de la lanza pero de dificil caracter. Los últimos eran Inoue Genzaburo que era el más mayor de todos y Todo Heisuke. Después en Kioto se les uniría un hombre muy oscuro , del mismo talento que Okita y ninguna piedad Hajime Saito.
De este modo pasaron a unirse a un grupo de ronin que iban a unirse al Roshigumi. Por el camino conocieron a Kamo Serizawa ,violento samurai al que las autoridades habían conminado la pena de muerte a cambio de servir al bakufu.Al llegar y descubrir las verdaderas intenciones de Hachiro el grupo de Kondo y el grupo de Kamo se separaron del Roshigumi en un acto de lealtad al shogunato. Pues el grupo de Kondo creía que 250 años de paz con el actual régimen no debían verse alterados por ningún motivo. Poco después Hachiro fue asesinado y su grupo disuelto.
Con ayuda del daimio de Aizu y comisionado militar de Kioto Katamori Matsudaira , Kondo y Kamo fundaron el Shinshengumi cuyo lema fue "lealtad".Instalados en la localidad de Mibu comenzaron a combatir a los miembros rebeldes del clan Chosuu ( recientemente expulsado de la ciudad por rebeldía) y a actuar como una fuerza policial permanente que protegiese la ciudad y el palacio imperial además de combatir a los Ishin Shishi y a todos los que se opusiesen al bakufu.El número de hombres que reclutaban empezó a crecer , financiados por el clan Aizu y siendo comandados por Kamo y Kondo. Pero los problemas comenzaron cuando Kamo bebedor y violento comenzó a provocar altercados en la ciudad y junto con sus hombres a actuar como un grupo de yakuzas, extorsionando dinero a comerciantes y destruyendo con un cañón los locales de los que se negaban a pagar por su "protección".
Mujeres, Sake, dinero, asesinatos..., Kamo estaba empañando la reputación del incipiente Shinsengumi y Katamori Matsudaira ordenó a Kondo y Hijikata que lo asesinasen a finales de ese mismo año 1863. Ahora Kondo estaba al mando con Hijikata y Yamanami como subcomandantes. Estructuraron el grupo en 10 unidades comandadas por los hombres del Sheikan y rápidamente llegaron a tener más de 200 hombres vestidos con el famoso uniforme azul con rayas blancas. También eran sometidos a un duro entrenamiento diario con pesados bokens de madera.
Asu vez Hijikata instituyó un duro código por el que después le llamarían el "demonio del Shinshengumi", por el cual ningún miembro podía: violar el bushido, litigar por cuenta propia, percibir dinero sin permiso, desertar , abandonar un combate o sobrevivir a su capitán y solo había una única pena, cometer seppuku.
Su fama creció sobremanera y eran temidos por todo el mundo y famosos en casi todo el país.Tenían espías y confidentes un poco por todas partes y el apoyo de otros grupos policiales de la ciudad como el Mimawarigumi o los mismos hombres del clan Aizu, pero también tenían problemas internos, los seppukus no eran pocos y la homosexualidad entre los algunos soldados y capitanes provocaba peleas y rencores ocultos.Saito actuaba como espia interno y aseninó a algunos miembros que se mostraron desleales o a los que sorprendió infringiendo alguna regla.
En 1864 el grupo alcanza la cúspide de su poder y en la famosa posada de Ikedaya, localizan y asesinan a un importante grupo de Shishi dispuestos a incendiar la ciudad y secuestrar al emperador para llevarlo a Chosuu y declararle la guerra al bakufu. Este acto les dio un tremendo prestigio ante la corte shogunal , prestigio que se vio reforzado el año siguiente cuando las tropas de Chosuu atacaron Kioto (como venganza por el asesinato de algunos de sus miembros más destacados en Ikedaya como Toshimaro Yoshida discípulo de Shoin Yoshida fundador filosófico y teórico del sonno joi) siendo derrotadas en la batalla de la Puerta Hamaguri por tropas del Shogun y algunos miembros del Shinsengumi.
En 1866 la balanza se empieza a inclinar en contra, el kubugattai (unión entre la corte imperial y el bakufu) fracasa y la situación política se torna en favor de la nueva alianza Chosu-Tosa-Satsuma , los hombres y el dinero comienzan a escasear. La situación se hace mucho más inestable y los partidarios del
sonno joi, surgen por doquier abiertamente. Ni siquiera el hecho de ser nombrados Hatamoto o guardines del shogunato consiguen cambiar su destino unido al de su nuevo señor Yoshinobu Tokugawa. Okita se moría de tuberculosis en un sórdido hospital y muchos hombres ,encabezados por Itou Kashitaro desertan para fundar un nuevo grupo leal al emperador y enemigo del bakufu que es pronto aniquilado por Kondo y sus hombres.
Con el inicio de las Guerras Boshin en 1868, lo que queda del grupo deja la ciudad y parte a la batalla de Toba Fushimi. Tras la derrota , un grupo de hombres del emperador arrestan y ejecutan a Kondo de 34 años. Hijikata toma pues el mando y se reagrupa como puede siguiendo a las tropas de Aizu.Yamanami había muerto ya ,cometiendo seppuku años antes por intentar desertar. Shinpachi y Harada se marcharon a luchar por su cuenta tras una discursión con Hijikata. Okita murió en Edo, tras una larga agonía, solo y sabiendo el negro destino que aguardaba a sus amigos. Los pocos que quedaron comandados por Hijikata se unieron al los restos del ejército shogunal en Hakodate donde por la gran fama que ya tenía fue nombrado vicealmirante de la recién proclamada República de Ezo (en Hokkaido). Murió en batalla de un tiro en el estomago a los 33 años como casi todos los que le acompañaban. Aun así lo había conseguido, se convirtió en lo que quería y a lo que había consagrado toda su vida, ser un samurai legendario .
Harada se unió al ejercito Shogitai donde encontró la muerte en las guerras de Aizu y Shinpachi le sobrevivió para escribir posteriomente una "historia del Shinsengumi" que honrase a sus camaradas caídos. Ante todo el Shinsengumi siempre luchó por lo que creía justo y bueno , Aku , Shoku , Zan (destruir el mal inmediatamente) siempre fue su máxima y como su historia demuestra nunca dejaron de perseguirla. Saito también sobrevivió , pero tras el inició de la era Meiji, pasó al bando contrario y e ingresó en la policía, llegando a combatir en la Guerra de Sheinan. Murió viejisimo , roido por el alcohol y el tabaco como guardia de un museo. Fue el último de todos y seguro que no pasó ni un día de su vida sin recordar al grupo de samurais más poderoso de la historia.